L'omotossicologia si differenzia dalla omeopatia perché si avvale non solo degli elementi osservazionale proposti da Hanemann per l'omeopatia, ma anche dei dati microbiologici, ematochimici e strumentali che fanno parte della moderna medicina.

I farmaci omotossicologici sono per lo più "low dose". Ciò vuol dire che la diluizione è tale che, anche se in minima parte, il farmaco è reperibile all'interno del rimedio. I farmaci omotossicologici derivano non solo dal mondo vegetale e minerale, ma troviamo anche ormoni omeopatizzati, mediatori dell'immunità, derivati di organi di suino. Le possibilità terapeutiche sono quindi molte di più di quelle della medicina tradizionale e ciò permette in tante situazioni di non fermarsi a curare il sintomo ma di trattare la causa della malattia.